PENGARUH MASA PENYIMPANAN SAMPEL WHOLE BLOOD DAN BUFFY COAT DARAH TIKUS TERHADAP KUANTITAS DAN INTEGRITAS RNA
DOI:
https://doi.org/10.51544/jalm.v10i2.6410Keywords:
whole blood, buffy coat, penyimpanan −80°C, kuantitas RNA, integritas RNAAbstract
Latar belakang: Whole blood dan buffy coat merupakan dua sumber sampel yang sering digunakan dalam penelitian molekuler. Namun, kualitas RNA yang dihasilkan seringkali kurang memuaskan. Faktor yang diperkirakan dapat mempengaruhi kualitas RNA adalah jenis sampel dan kondisi penyimpanan.
Tujuan: untuk mengetahui pengaruh masa penyimpanan sampel whole blood dan buffy coat terhadap kuantitas dan integritas RNA, membandingkan kedua tipe sampel. Sampel darah dari tikus Sprague dawley umur 3 bulan diambil melalui sinus retro-orbitalis dan cardiac punture lalu dipisahkan sebagai whole blood dan buffy coat dan disimpan pada suhu −80°C selama 1 hari, 1 minggu, 1 bulan, dan 3 bulan. RNA diisolasi menggunakan kit Quick-RNA Miniprep Plus Zymo dan diperiksa konsentrasi serta kemurniannya dengan spektrofotometer (A260/A230 dan A260/A280). Integritas RNA diperiksa dengan elektroforesis agarose dan dibaca menggunakan Gel Doc.
Metode: Data dianalisis menggunakan uji Two-way ANOVA. Analisis menunjukkan bahwa tipe sampel merupakan faktor utama yang mempengaruhi kuantitas dan integritas RNA.
Hasil: Buffy coat menghasilkan konsentrasi RNA yang lebih tinggi dibanding whole blood (p < 0,0001). Faktor lama penyimpanan hingga 3 bulan pada suhu −80°C tidak mempengaruhi konsentrasi RNA pada kedua jenis sampel. Integritas RNA buffy coat lebih baik dibandingkan whole blood.
Kesimpulan: Hal ini ditunjukkan oleh hasil elektroforesis pita RNA buffy coat yang lebih jelas dan konsisten. Masa penyimpanan buffy coat dan whole blood pada suhu −80°C sampai dengan 3 bulan tidak mempengaruhi kuantitas dan kemurnian RNA, namun mempengaruhi kualitas RNA.
Downloads
References
Bulla, A., De, W.B., Ammerlaan, W., Betsou, F., Lescuyer, P. (2016). Blood DNA Yield but Not Integrity or Methylation Is Impacted After Long-Term Storage. Biopreservation and Biobanking, 14(1), 29-38.
Carvalhais, V., Delgado-Rastrollo, M., Melo, L. D. R., Cerca, N. (2013). Controlled RNA Contamination and Degradation and Its Impact on qPCR Gene Expression in S. epidermidis Biofilms. Journal of Microbiology Methods, 95(2), 195-200.
Chomczynski, P., Wilfinger, W.W., Eghbalnia, H.R., Kennedy, A., Rymaszewski, M., Mackey, K. (2016). Inter-Individual Differences in RNA Levels in Human Peripheral Blood. PLOS ONE, 11(2). 1-15.
Duale, N., Lipkin, W.I., Briese, T., Aarem, J., Rooningen, K.S., Aas, K.K., Magnus, P., Harbak, K., Susser, E., B. Gunnar. (2014). Long-term Storage of Blood RNA Collected in RNA Stabilizing Tempus Tubes in a Large Biobank – Evaluation of RNA Quality and Stability. BMC Research Notes, 7, 633.
Elashoff, M.R., Nuttall, R., Beineke, P., Doctolero, M.H., Dickson, M., Johnson, A.M., Daniels, S.E., Rosenberg, S., Wingrove, J.A. (2012). Identification of Factors Contributing to Variability in a Blood-Based Gene Expression Test. PLOS ONE, 7(7), 1-7.
Jiang, S., Lu, Y., Shi, M., Li, H., Duan, J., Huang, J. (2023). Effects of Storage Temperature, Storage Time, and Hemolysis on the RNA Quality of Blood Specimens: A Systematic Quantitative Assessment. Heliyon, 9(6), 1-13.
Kamangu, E. N. (2019). Comparison of the Quality of the DNA Extracted from Different Media at the Laboratory of Molecular Biology of the Faculty of Medicine of UNIKIN. International Journal of Molecular Biology: Open Access, 4(1), 27-28.
Le Page, C., Köbel, M., de Ladurantaye, M., Rahimi, K., Madore, J., Babinszky, S., Bachvarov, D.R., Bachvarova, M., Beauchamp, M.C., Cass, C.E., Chadwick, D., Colleen, C., Damaraju, S., Dufour, J., Gotlieb, W.H., Kalloger, S.E., Portelance, L., McAlpine, J.N., Matte, I., Piché, A., Shaw, P., Roehrl, M.H., Vanderhyden, B.C., Watson, P.H., Huntsman, D.G., Provencher, D.M., Mes-Masson, A.M. (2013). Specimen Quality Evaluation in Canadian Biobanks Participating in the COEUR Repository. Biopreserv Biobank, 11(2), 83-93.
Saputro, A.A., Lestari, C.R. 2021. Pengaruh Waktu Penyimpanan Darah terhadap Kadar Hemoglobin pada Komponen Whole Blood Darah Donor. Jurnal Analis Laboratorium Medik, 6(2), 50-56.
Song, J. and Zhou, J. (2020). Effects of Preservation Duration at 4°C on the Quality of RNA in Rabbit Blood Specimens. PeerJ, 1-16.
Vermeulen, J., Preter, K. D., Lefever, S., Nuytens, J., Vloed F. D., Derveaux, A., Hellemans, J., Speleman, F., Vandesompele, J. (2011). Measurable Impact of RNA Quality on Gene Expression Results from Quantitative PCR. Nucleic Acid Researchs, 39(9), 1-12.
Wang, Z., Zhang, C., Zhang, X., Bian, Y., Cao, Y. (2024). Assessing the Impact of Long-Term Storage on the Quality and Integrity of Biological Specimens in a Reproductive Biobank. Bioengineering & Translational Medicine, 9(6),1-13.
Yamagata, H., Kobayashi, A., Tsunedomi, R., Seki, T., Kobayashi, M., Hagiwara, K., Chen, C., Uchida, S., Okada, G., Fuchikami, M., Kamishikiryo, T., Iga, J., Numata, S., Kinoshita, M., Kato, T., Hashimoto, R., Nagano, H., Okamoto, Y., Ueno, S., Ohmori, T., Nakagawa, S. (2021). Optimized Protocol for the Extraction of RNA and DNA from Frozen Whole Blood Sample Stored in a Single EDTA Tube. Scientific Reports, 11, 1-10.
Ylitalo, B. E., Vidman, L., Harlid, S., & Van Guelpen, B. (2025). mRNA Extracted from Frozen Buffy Coat Samples Stored Long Term in Tubes with no RNA Preservative Shows Promise for Downstream Sequencing Analyses. PloS One, 20(3), e0318834.
Yuliandari, A., Damhuri, P.O., Margaretta, T.S., Priskilla, S.E., Hartini, H. 2023. Evaluation of Platelet Rich Plasma (PRP) Preparation Procedure. Jurnal Analis Laboratorium Medik, 8(2), 94-100
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2025 Retno Winarti, Annisa Ramadhani Nurhidayat, Dewajani Purnomosari, Saihas Suhda, Rina Susilowati
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
Syarat yang harus dipenuhi oleh Penulis sebagai berikut:
Â
- Penulis menyimpan hak cipta dan memberikan jurnal hak penerbitan pertama naskah secara simultan dengan lisensi di bawah Creative Commons Attribution License yang mengizinkan orang lain untuk berbagi pekerjaan dengan sebuah pernyataan kepenulisan pekerjaan dan penerbitan awal di jurnal ini.
- Penulis bisa memasukkan ke dalam penyusunan kontraktual tambahan terpisah untuk distribusi non ekslusif versi kaya terbitan jurnal (contoh: mempostingnya ke repositori institusional atau menerbitkannya dalam sebuah buku), dengan pengakuan penerbitan awalnya di jurnal ini.
- Penulis diizinkan dan didorong untuk mem-posting karya mereka online (contoh: di repositori institusional atau di website mereka) sebelum dan selama proses penyerahan, karena dapat mengarahkan ke pertukaran produktif, seperti halnya sitiran yang lebih awal dan lebih hebat dari karya yang diterbitkan. (Lihat Efek Akses Terbuka).
